Филатовская больница представляет собой современное клиническое объединение, включающее в себя территориальное амбулаторное подразделение (поликлинику) с обслуживанием прикрепленного населения, детский травмопункт, амбулаторную консультативно-диагностическую службу с полным комплексом диагностического оборудования, предусматривающего возможность всестороннего обследования и консультирования детей высококвалифицированными специалистами по всем профилям педиатрии и детской хирургии.

Многопрофильный стационар представлен отделениями, среди которых некоторые являются уникальными - это отделение детской кардиохирургии, ангиографии и рентгенхирургии, хирургии новорожденных, токсикологии, пластической и реконструктивной микрохирургии.

Хирургический блок стационара является крупнейшим в городе Москве, оказывая помощь по большинству видов хирургических специальностей.